Tema isa islamiõpetlasest isa Javad Khamenei oli etniline türklane Khamaneh'st. Ema oli etniline pärslane Yazdist. Ali Khamenei esivanem oli Sayyid Hossein Tafreshi, Aftasi Sayyidide järeltulija, kes arvatavasti põlvnes sultan ul-Ulama Ahmadini, keda tuntakse Sultan Sayyidina ja kes oli neljanda šiiidi imaami Ali al-Sajjadi lapselaps. Enda väitel kasvas ta üles sügavalt usklikus peres. Ta kirjeldas perekondlikke koosviibimisi, kus ema luges ette Koraani salme, eriti neid, mis käsitlesid prohvetite elu.^[2]

Ta õppis oma kodulinna Mashhadi hawza's (šiiitlikus usukoolis), kus külastas sageli ka ilmalikke intellektuaale ja Jumalakummardajate Sotsialistide Liikumist, poliitilist organisatsiooni, mis propageeris islami sotsialismi ja mida mõjutasid sellised tegelased nagu Karl Marx, Che Guevara, Jsopi Broz Tito ja Ali Shariati. 1958. aastal asus ta elama Qomi, kus osales Rūḩollāh Khomeynī loengutes.^[3]

Khāmene'ī osales aktiivselt vastupanus Iraani šahhile Pahlavīle ning arreteeriti kuus korda, enne kui režiim ta kolmeks aastaks pagendas. 1978–1979. aasta Iraani revolutsiooni ajal oli ta selle üks peamisi juhte ning pärast revolutsiooni võitu täitis ta mitmeid ameteid vastloodud Iraani Islamivabariigis. Veebruaris 1979 oli ta üks viiest Vabariikliku Islamipartei asutajatest, partei toetas islamirevolutsiooni. 30. mail 1979 hakkas partei häälekandjana ilmuma päevaleht "Jomhouri-e Eslami", mille peatoimetajaks ta sai. Ajaleht on siiani üks Iraani juhtivamaid.^[4]

Juuli lõpust kuni 6. novembrini 1979 oli ta asekaitseminister, seejärel kuni suveni 1980 Islamirevolutsioonikaardiväe ülem.^[5] 1980 nimetas ajatolla Khomeini ta Teherani reedepalvuste imaamiks.

27. juunil 1981 tehti tema vastu atentaadikatse, mille tagajärjel jäi tema parem käsi halvatuks. Olles haiglas sai ta ajatolla Khomeinilt kirja: "Kontrrevolutsioonilised jõud on rünnanud Sind mitte Sulle omistatud kuritegude tõttu, vaid see-eest, et Sa oled lojaalne rindesõdur, õpetaja palvetamise nišis, kõneosav oraator koguduse palvetes ja ustav teejuht revolutsiooni areenil.^[6]

Kui 30. augustil 1981 mõrvati Iraani president Mohammad-Ali Rajai, pöördus ajatolla Khomeini Ali Khamenei poole. Iraani Islamivabariigi juhtorgan Valvurite nõukogu (Islamivabariigi Poliitbüroo) toetas tema kandidatuuri. Oktoobris valiti ta ülekaalukalt (95 % poolt) Iraani presidendiks. 1985 valiti ta teiseks ametiajaks tagasi. Presidendina toetas ta täielikult ajatolla Khomeini konservatiivset poliitikat. Siiski omandas ta teatava reputatsiooni, kui mõõdukas pragmaatiline vaimulik, kellel olid ajatolla Khomeini omast mõõdukamad vaated. Ta leidis, et Iraan peab välja murdma rahvusvahelisest isolatsioonist ja tegema koostööd riikidega, kellega kaubeldes on võimalik aidata kaasa Iraani majanduslikule tõusule.^[7]

Ülemjuhi kohale valiti ta pärast ajatolla Khomeynī surma, kui ekspertide nõukogus olid läbi kukkunud ettepanek seada sisse kolmeliikmeline juhtnõukogu ja seejärel suurajatolla Golpaygani kandidatuur ülemjuhi kohale. Erinevalt oma eelkäijast, kellel oli suurajatolla tiitel, oli Khamenei ametisse nimetamise ajal vaid kesktaseme vaimulik ega olnud isegi ajatolla; tema positsiooni kindlustamisel mängisid rolli riiklik meedia, patronaaživõrgustikud ja julgeolekuaparaat. 4. juunil 1989 nimetas ekspertide assamblee ta kõrgeima juhi kohusetäitjaks, 6. augustil 1989 valiti ta Iraani ülemjuhiks (tema poolt hääletas 60 kohal viibinud 64-st liikmest).

Kõrgeima juhina toetas Khāmene'ī Iraani tuumaprogrammi tsiviilotstarbel, andes samas välja fatva, mis keelas massihävitusrelvade tootmise. Ta pooldas riigiettevõtete erastamist ning muutis Iraani oma nafta- ja gaasivarude toel "energiasuurvõimuks". Tema välispoliitika keskendus šiiitlikule islamismile ja Iraani revolutsiooni eksportimisele. Khāmene'īl oli keskne roll Islami revolutsioonilise kaardiväe (IRGC) arendamisel, muutes selle oluliseks vahendiks nii sisekontrollis kui ka piirkondliku mõju suurendamisel. Tema juhtimise ajal toetas Iraan nn "Vastupanu telge" Süüria kodusõjas, Iraagi sõjas, Jeemeni kodusõjas ja Iisraeli-Ḩamāsi sõjas ning samuti Venemaad Vene-Ukraina sõjas. Tugeva Iisraeli- ja sionismikriitikuna toetas Khāmene'ī palestiinlasi Iisraeli–Palestiina konfliktis; tema retoorika sisaldas üleskutseid Iisraeli hävitamiseks ja antisemitismi. Iraan osales tema juhtimisel kaudsetes konfliktides Iisraeli ja Saudi Araabiaga; 2025. ja 2026. aastal eskaleerusid pinged Iisraeli ja Ameerika Ühendriikidega 12-päevaseks sõjaks ning sellele järgnenud rünnakuteks.

Pragmaatilise kõvakäelise poliitikuna tõrjus Khāmene'ī kõrvale vasakpoolsed fraktsioonid, mõõdukad vaimulikud ja poliitilised teisitimõtlejad, leevendades aeg-ajalt piiranguid, kui režiimi stabiilsus või legitiimsus oli ohus. Tema juhtimist seostati riigi militariseerumise laienemise ja võimu koondumisega kõrgeimale juhile. Tema valitsusajal toimus mitmeid protestilaineid. Ajakirjanikke, blogijaid ja teisi isikuid anti kohtu alla süüdistatuna kõrgeima juhi solvamises, sageli koos jumalateotuse süüdistustega; karistused hõlmasid piitsutamist ja vangistust ning mõned surid kinnipidamise ajal.

Ta hukkus Iisraeli ja Ameerika Ühendriikide korraldatud õhurünnakutes. Iraani riigimeedia kinnitas ta surma järgmisel päeval.^[8] Khāmene'ī oli õhurünnaku toimumise ajal oma tööruumides. ^[9] Iraani valitsus kuulutas välja 40-päevase leina. Pärast Khāmene'ī surma juhib Iraani Ajutine Valitsusnõukogu, mille juhid on Masoud Pezeshkian, Mohseni-Eje’i ja Alīreẕā A'rāfī.

• Alīreẕā A'rāfī

• Ali Khamenei kantselei koduleht
• Ajatolla Ali Khamenei tegevust kajastav portaal (inglise, saksa, vene, prantsuse, hispaania, türgi, jaapani, indoneesia, hausa, suahiili, pärsia, araabia ja urdu keeles)
• Profile: Ayatollah Ali Khamenei BBC News, 2009
• Khamenei: The Power Behind the President Time, 2009