Riiklik Looduskaitsekeskus (LKK) oli aastatel 2006–2009 Keskkonnaministeeriumi haldusalas tegutsenud riigiasutus, mis loodi endiste kaitsealade administratsioonide baasil 1. jaanuaril 2006.

LKK ülesandeks oli looduskaitse praktiline korraldamine ning looduskaitset puudutavate otsuste osas arvamuse andmine.

LKK moodustamine lahutas looduskaitse valitsemise ja korraldamise funktsioonid, valitsemise ülesanded jäid maakondade keskkonnateenistustele ja praktiline tegevus Riiklikule Looduskaitsekeskusele. Kui Keskkonnaministeerium võtab vastu seadusandlikke otsuseid ja töötab välja looduskaitsepoliitika, siis LKK tagab otsuste tegeliku rakendamise.

LKK tegevusvaldkondadeks olid:

• kaitse planeerimine
• loodushoiutööd
• liigikaitse
• loodusharidus.

Sealhulgas korraldas LKK oma pädevuse piires loodusõpet ning tutvustas kaitstavaid loodusobjekte avalikkusele. Selle jaoks oli LKK rajanud nii matkaradu, laudteid kui ka vaatetorne.

Riikliku Looduskaitsekeskuse peadirektor oli asutuse loomisest alates kuni tegevuse lõpetamiseni Jaanus Tuusti.

Riiklik Looduskaitsekeskus koosnes keskbüroost Tallinnas ja järgmistest regioonidest:

• Harju-Rapla, keskusega Raplas
• Hiiu-Lääne, keskusega Penijõel
  • Hiiumaa talitus, keskusega Kärdlas
• Saare, keskusega Viidul
• Pärnu-Viljandi, keskusega Vana-Järvel Urissaare külas (Häädemeeste vald)
• Põlva-Valga-Võru, keskusega Otepääl
• Jõgeva-Tartu, keskusega Toomal
• Ida-Viru, keskusega Iisakus
• Järva-Lääne-Viru, keskusega Palmses.

Riikliku Looduskaitsekeskuse loomisega lõpetasid oma tegevuse järgmised kaitsealade administratsioonid:

• rahvusparkide administratsioonid:
  • Karula rahvuspargi Administratsioon
  • Lahemaa rahvuspargi Administratsioon
  • Matsalu rahvuspargi Administratsioon
  • Soomaa rahvuspargi Administratsioon
  • Vilsandi rahvuspargi Administratsioon
• loodusparkide ja maastikukaitsealade administratsioonid:
  • Haanja looduspargi Administratsioon
  • Kõrvemaa maastikukaitseala Administratsioon
  • Naissaare looduspargi Administratsioon
  • Otepää looduspargi Administratsioon
  • Vooremaa maastikukaitseala Administratsioon
• looduskaitsealade administratsioonid:
  • Endla looduskaitseala Administratsioon
  • Nigula looduskaitseala Administratsioon
  • Silma looduskaitseala Administratsioon
  • Viidumäe looduskaitseala Administratsioon
• Hiiumaa Kaitsealade Administratsioon

LKK oli EUROPARCi (Euroopa Loodus- ja Rahvusparkide Föderatsioon) liige (Lahemaa Rahvuspargi Administratsiooni õigusjärglasena).

Riiklik Looduskaitsekeskus lõpetas tegevuse 1. veebruaril 2009, kui Riikliku Looduskaitsekeskuse, Kiirguskeskuse ja maakondade keskkonnateenistuste liitmise teel loodi Keskkonnaamet.

• Keskkonnaameti koduleht
• Riikliku Looduskaitsekeskuse põhimäärus
• Keskkonnaameti põhimäärus
• EUROPARC