Eesti alal on tegutsenud paljude ordude kloostrid: tsistertslaste, frantsisklaste, dominiiklaste, birgitiinide ja augustiinide kloostrid. Eestis pole tegutsenud benediktlased, karmeliidid ega kaputsiinid. Kaheksa meeskloostri kõrval tegutses viis naiskloostrit, millest olulisim on Tallinna Mihkli klooster, ja Pirita kaksikklooster.

Esimestena jõudsid Eesti alale tsistertslased, arvatavasti juba enne 13. sajandi algust. Tsistertslased rajasid Eestisse kaks kloostrit, Tartu piiskopkonnas 1228. aastal Valkena ehk Kärkna, 13. sajandi viimasel veerandil Saare-Lääne piiskopkonnas Lihula kloostri ja Tallinna piiskopkonnas 1317. aastal Padise kloostri. Valkena (Kärkna) jääb praegusele Tartumaale, Padise Harjumaale. Valkena kloostri hävitasid venelased Liivi sõja alguses 1558. Ka Padise klooster hävis 1559. aastal sõjas.

Liivimaa sõjas läks Eestimaa põhjaosa katoliikliku Saksa ordu valdusest luterliku Rootsi võimu alla, Lõuna-Eesti jäi esialgu katoliikliku Poola valdusse.

17. sajandil langes ka Liivimaa rootslaste kätte. Katoliiklus keelustati, katoliiklane olemise eest võidi karistada surmanuhtlusega.

Tsistertslaste nunnakloostrid olid: Tallinnas (Mihkli klooster), Tartus (Tartu Püha Katariina klooster) ja Lihulas (Lihula klooster). Naistsistertslased olid tavaliselt aadlipäritolu daamid, kas lesed või vanatüdrukud, kes oma elulõppu kloostrirahusse veetma tulnud.

Eestis on frantsisklased hakanud tegutsema alles 15. sajandi II poolel, kui paavst Paulus II lubas neil 1466. aastal asutada oma kloostreid Vana-Liivimaal. Mõiste frantsisklased hõlmas keskajal mitut ordut: meesfrantsisklased ehk minoriidid (ladina k. Ordo Fratrum Minorum), naisharu – klarissid (Ordo Sanctae Clarae), ordu kaitsepühaku Püha Clara järgi, ilmikutest koosnev tertsiaaride ordu (Tertius Ordo Franciscanus). Tertsiaaride ordu hõlmas nii mehi kui ka naisi ja oli siin olemas nii ilmalik suund, kui ka kloosterlikku ühiselu viljelenud tertsiaarid (Tertius Ordo Regularis)^[1]. Eestis olid frantsisklaste kloostrid Püha Klaara klooster Tartus, Rakvere Püha Mihkli klooster Rakveres^[2] ja Viljandi frantsisklaste klooster Viljandis.

Esimesed dominiiklased tulid Eesti aladele õige varakult koos Taani kuninga väega. Dominiiklased tegelesid kõikjal misjoniga, seega on arusaadav, et nende ordu oli üks esimesi, mis alustas tegevust ka Eestis. Tallinna asutasid dominiiklased Katariina kloostri 1229, Tartusse Püha Maarja-Magdaleena kloostri 1300, mõnevõrra hiljem ka Narva Anna kloostri. Dominiiklased oskasid hästi eesti keelt ning olid seetõttu maarahva ja linnaeestlaste seas populaarsed. Dominiiklaste ehk Jutlustajate Vendade Ordu tegevus lõpetati Tallinna rae otsusega 12. jaanuaril 1525 ning ordu ja Püha Katariina kloostri vara kuulutati linna omandiks.

Kerjusmungaordude – dominiiklaste ja frantsisklaste – kloostrid rajati eranditult linnadesse ning kuna nende sihtrühmaks olid ennekõike linna vaesed, siis pidid ka kloostrid paiknema linnaservas keset vaestekvartaleid, nende kirikud olid suured jutlusruumid, altariliturgia kõrval sai just kerjusmunkade juures tavaks pidada pikki jutlusi ning teha seda kohalikus keeles – Tallinnas ka eesti keeles.

Ainus augustiinlaste ja birgitiinide klooster Eestis oli pühale Birgittale ja neitsi Maarjale pühitsetud kaksikklooster (nunnad ja mungad, kaks eraldi konventi ühes kloostris) Pirital. Pirita klooster tegutses 1407–1577; hävitati Vene vägede poolt Liivi sõjas. Pirita kloostri emaklooster ja eeskuju oli Vadstena klooster Rootsis. Balthasar Russowi sõnade järgi olnud Pirita kloostril oluline koht ka eestlaste usuelus.

Eestis tegutsesid jesuiidid Poola võimu aluses Tartus ajavahemikus 1583–1625 (vaheajaga 1600–1603, mil Tartu oli Rootsi valduses). Aastail 1583–1600 ja 1603–1625 tegutses Tartus jesuiitide gümnaasium, aastail 1585–1600 ja 1615–1625 tõlkide seminar. Jesuiitide kavatsuse kohaselt pidi Tartust saama keskus, kust katoliku usku levitataks ka Venemaale ning kuni Indiani välja. Tänapäeval ongi jesuiitide põhitegevus misjonitöö ja hariduse andmine.

Jesuiidid panid aluse lõunaeestikeelsele kiriklikule kirjandusele ning ilmselt ka lõunaeesti kirjakeelele. Nad andsid 1585–1623. aastal välja vähemalt kolm lõunaeestikeelset raamatut, millest säilinud on üks.

• Vene Õigeusu Kiriku Pühtitsa Jumalaema Uinumise Nunnaklooster
• Kiviloo klooster^[6]
• Tsistertslaste ordu Ojamaa Roma emakloostri Kolga klooster^[7]
• Rõngu klooster
• Vigala klooster^[6]

• Dominiiklaste klooster Tallinnas
• Halastuse Misjonäride Ordu Klooster Tallinnas
• Püha Eelkäija Skiita (Saaremaal)
• Püha Kantaliitsia Feliksi Kongregatsiooni Klooster Ahtmes
• Püha Kantaliitsia Feliksi Kongregatsiooni Klooster Narvas
• Pühima Neitsi Maarja Pärispatuta Saamise Õdede Kongregatsiooni Klooster Tartus
• Pühima Päästja Püha Birgitta Ordu Klooster Pirital (Pirita klooster)
• Pühtitsa Jumalaema Uinumise Stavropigiaalne Naisklooster (Kuremäe klooster)

• Jaan Tamm, "Padise klooster. Ehitus- ja uurimislugu. TEA kirjastus, ISBN 9789985719985, 2010, 136 lk
• Jaan Tamm, Eesti keskaegsed kloostrid. Tallinn: Eesti Entsüklopeediakirjastus, 2002.
• Jaan Tamm, Padise klooster. Ehitus- ja uurimislugu. Tallinn: TEA Kirjastus, 2010.
• Jaan Tamm, Pirita Convent: the history of the construction and research. Kaasautor koos Villem Raamiga. Tallinn: Eesti Entsüklopeediakirjastus, 2006.
• Jaan Tamm, Pirita klooster: ehitus- ja uurimislugu. Kaasautor koos Villem Raamiga. Tallinn: Eesti Entsüklopeediakirjastus, 2005.
• Jaan Tamm, Tallinna Püha Miikaeli klooster: ehitus- ja uurimislugu. Tallinn: Eesti Entsüklopeediakirjastus, 2009. "Eesti keskaegsed kloostrid"
• Kaur Alttoa, Kloostritest keskaegses Tartus, Ajalooline Ajakiri, 2008, 4 (126), 295–316

• Kloostrid Eestis
• Kristlike ordude kultuurilugu
• Miksike Kloostrid
• Katoliku Kiriku ordud
• Keskaegsed eurokeskused Kärknas ja Padisel
• Piret Kriivan, Tiina Kala, Eesti lugu, 55. saade, Kloostrid, err.ee, 29. oktoober 2005