Usundilises mõttes on Jaapan ainulaadne. Pole teist maad maailmas, kus esineks sellist usundite sümbioosi ja läbipõimumist. Sellel nähtusel on pikk ja keeruline ajalugu, peamine osa šintoismil ja budismil, seejuures budism oma mahajaana kohalikus variandis, mis käsitab Buddhat jumalusena (jumalustamine). Eri aegadel on mõju avaldanud ka teised usundid: taoism, kristlus (rooma-katoliiklik variant kirishitan) ja konfutsianismi filosoofia. Praegu on kõik koos, lisaks palju uususundeid. Enamus jaapanlasi on nii šintoistid kui budistid. Piltlikult: jaapanlane sünnib šintoistina ja sureb budistina. Jaapani algupärane usund on shintō, mis on looduslik-animistlik. Teadlased pole üksmeelel, kas algselt oli shintō looduse või ka esivanemate kultus, mis võis hiljem lisanduda. Mõned on avaldanud kahtlust, kas shintō on üldse usund, sest:
- ajaloolised lätted on ebamäärased
- puudub eetiliste normide ja doktriinide fikseeritud süsteem
- pole ametlikult tunnustatud pühakirja
Arvatakse, et shintō 'd tuleb käsitleda kui välismaiste uskumuste, traditsioonilise mõttelaadi ja igapäevaste tavade kogumit. Shintō on tunnustatud usund, teoreetilises plaanis subjektilt kogukondlik, jumalate arvukuselt polüteistlik ning jumala ja inimese suhete kohalt teoantropoidne. Shintō 'd nimetatakse puhtaks või varajaseks shintō 'ks kuni budismi sissetungini.
Varajase shintō perioodil polnud kindlaks määratud avalikku teenistust, kiriklikku organisatsiooni, mida on püütud luua 10. ja 19. sajandil, kuid need katsed lõppesid ebaõnnestunult.
Regionaalsega paralleelselt eksisteeris kogukondlik kami, igal uji 'l oma kami. 3.-4. sajandil hakati püstitama neile templeid. Peale kaitsejumalate austati maastiku või loodusega seotud jumalusi, näiteks tuule või mäe jumalusi. Shintō jumalused on säilinud tänini, arvatakse olevat umbes 8 miljonit kamit. Riigivõimu suurenedes kerkis esile mahajaana budism, samal ajal jõudsid Jaapanisse uued õpetused: 5. sajandil konfutsianism ja 6. sajandil taoism, mille levik oli tagasihoidlik. Konfutsianismil on suur roll šintoistliku eetika kujunemisel. Kamid kujunesid üldtunnustatud jumalateks, shintō templid said riiklikke annetusi – tava, mis püsis 13. sajandini. Siis taastati see Meiji reformide ajastul ja püsis kuni teise maailmasõja lõpuni. Konfutsianism aitas Jaapanis kinnistada keisrikultust. Selle tulek Jaapanisse ei tekitanud šintoismile erilisi probleeme, kuid konfutsianismi kaudu hakkas Jaapanis levima Hiina kultuur – Jaapani kontaktid Hiinaga meie ajaarvamise algul, Korea kaudu Hiina mõjude jõudmine Jaapanisse. Immigrandid jäid sageli Jaapanisse elama, said oma ühiskondliku positsiooni – neid nimetati kodakondsuse saanuteks. 5. sajandi lõpul nimetas keiser Ōjin konfutsiaanlikud õpetlased Koreast oma laste õpetajateks.