Sänna mõis rajati 1586. aastal vendade Stanislaus ja Peter Nonhardi poolt, kellele Poola kuningas Stefan Batory ^[1]oli sel samal aastal Sänna küla läänistanud. Esialgne mõis ehitati Pärlijõe kaldale ning oli ühekordne savist ehitis. Peagi pärast mõisa valmimist läänistati see Heinrich von Gilsenile, kelle käes oli mõis Poola valitsuse lõpuni – aastani 1625.^[2]

Aastaks 1625 kuulub Sänna mõisale kolm küla: Korgepall(Kõrgepalu), Pillilogo (osa tänapäeva Hurda külast)^[3] ning Schenna (Sänna). Sänna mõisal oli 17 talupoega ning 9 adramaad asustatud ning 9 adramaad tühimaad, mõisamaad oli 4 adramaad. Mõisamaa piir oli 1 miil (≈ 10,7 km) pikk ja 1 miil lai. Mõisale kuulusid ka jahvatuskoht ning kõrts. ^[2]

1625. aastal andis Rootsi kuningas Gustav Adolf (1593–1632) mõisa Rootsi sõjaväelasele Wilhelm von Budbergile (1566–1637), kelle suguvõsa käes püsis mõis 19. sajandini. ^[4] Wilhelm von Budbergilt pärandus Sänna mõis vabahärra Gotthard Wilhelm von Budbergile (1605–1682) ning temalt omakorda Rootsi riigi alamale ja majorile Magnus Wilhelm von Budbergile. Magnus Wilhelm von Budberg pärandas mõisa edasi oma vanimale pojale, rootsi armee kaptenile Gotthard Wilhelm von Budbergile. Põlvkond hiljem sai pärijaks Gotthard Magnus von Budberg, kes vahetas Sänna mõisa Valga mõisa vastu, mis kuulus tema isa onule, sillakohtunik Leonhard Georg von Budbergile (1735–1792).

Esimest korda mainiti Liivimaa adramaarevisjonis Sänna mõisa (Senna Hof) 1638. aastal, mille järgi Sänna mõisa alla ei kuulu enam Kõrgepalu küla. Adramaarevisjoni järgi kuulus Sänna mõis enne ja pärast moskoviitide aega Vastseliina kubjaskonda ja Sänna vakkusesse. Revisjonis on kirjas Sänna mõisale kuuluvate talupoegade nimed, päritolu, talude suurus ja loomade arv.

1684 oli Sänna mõisas talu-, kõrtsi- ja veskikohtade arv 44, millest Eesti kogudusele kuulus 42.

18. sajandil oli Sänna mõisa omanikuks Leonhard Georg von Budberg, kes jagas mõisa oma laste vahel.

1784. aastal toimus Sänna mõisa teoorjade streik. 18. sajandi lõpus eraldati Sänna mõisast Kõrgepalu mõis ning tekkis haldusüksusena Sänna vald. Sänna mõisa uueks omanikuks sai Gotthard Magnus von Budberg, kes lasi mõisas palju ehitada. ^[2]

Sänna mõis oli adramaade arvult Kõrgepaluga võrdne. Põllumaad on kirjeldatud võrdlemisi heana, heinamaad saagirikastena ning karjaamad ja metsa oli küllaldaselt. Mõisa juurde kuulus suur aed, mille loomulik seisund oli meeldiv. Sänna mõisa hoonete hulka kuulus ka kivist kasvuhoone.

Sänna mõisale kuuluvad talupojad olid haritumad ning jutlustajale maksis mõis aastas 3 kuldrubla, 5 1/3 vakka rukist, 5 1/3 vakka otra, 5 1/3 vakka kaeru, 16 kana, 50 /Griesten/ heinu ja 60 (?) linu.

1803. aastast pärineb ka esimene Sänna mõisa hoonete loend:

1. Puidust vanem härrastemaja;
2. Kaks vanemast ehitusjärgust puidust elumaja mõisateenijatele;
3. Vanem puidust käsiait;
4. Puidust lahtise kuuri või katusealuse uusehitis tööriistadele;
5. Kivist läbinisti võlvitud ait viinavilja jaoks;
6. Heas korras kivist elumaja, mõisa külalistemaja (Herberge);
7. Kivist loomalaut koos söödahoidlaga;
8. Uus sepikoda, mille juures kaks elamiskõlblikku kambrit;
9. Heas seisus kivist viinaköök, mille kõrval kivist õllepruulimiskoda ja pesuköök (hiljem ehitati ühe endise talli varemetele ka teine viinaköök).
10. Kaks avarat vilja jahvatamise veskit, mille kõrval puidust rehealune õlgede hoidmiseks.
11. Vanad puittarad karjamaa ümber;
12. Vanema ehitusjärgu majandushooned: massiivsed hobutall ja tõllakuur;
13. Vana talli kõrval uuem puidust hobutall;
14. Uus kivist pesuköök;
15. Kivist vesiveski majandushoonete kõrval;
16. Pihkva poole maanteel vanem kivist kõrtsihoone
17. Uuema hoonena kivist linnase kuivati.

Eraldi on välja toodud Sänna mõisa tellisepõletusahi, mis tootis lisaks oma tarbele aastas veel 8000 tellist ja 2000 katusekivi.

1820. aastatel paigutati Sänna mõisasse sõjavägi, sest teoorjuse rahutused olid muutunud niivõrd suurteks. 1821. aastal müüs Gotthard Magnus von Budberg mõisa parun Ludvig Gotthard von Budbergile, kuid pärast paruni surma läks mõis tagasi Gotthard Magnus von Budbergile.

Sel perioodil oli Sänna mõisal ka kolm kõrtsi: Suurkõrts, Savikõrts ja Riitsilla kõrts, millest viimane lagunes. Suurkõrts lammutati 1950. aastatel, Savikõrts on säilinud tänini ning on kasutusel elamuna.

1835. aastal panditi Sänna mõis 30 000 hõberubla eest Otto Ludvig von Freymannile^[5]. 1837. aastal sai Otto Ludvig von Freymann mõisa täieõiguslikuks valdajaks. 1838. aastal müüs ta mõisa 35 000 hõberubla eest Carl Gotthard von Liphartile (1778–1853). Rõuge kihelkonna alla kuulunud Sänna mõisale kuulus 7 7/20 adramaad ja 1816 335 hinge. 1839. aastal sai Carl Gotthard von Liphartist Sänna mõisa pärisomanik, kellele kuulus mõis 1855. aastani. ^[6]

Oma 1847. aastal koostatud testamendis jättis Carl Gotthard von Liphard lisaks 4000 hõberublale ka Sänna mõisa oma tütrele Constance'ile, kes oli abielus von Reutziga. Sänna mõisa omanik oli von Reutzide suguvõsa. ^[6]

1866. aastal müüs Constance Reutz mõisa 105 750 hõberubla eest sillakohtu adjunktile parun Carl von Vietinghoffile pärusomanduseks. Carl von Vietinghoffi ajal tehti Sänna mõisas mitmeid muudatusi: kasutusele tuli vikat, võeti suuri laene, rüütelkonna maamõõtja C. Beckmann tegi Sänna mõisa- ja talumaade plaani. 1872. aastal müüdi Sänna mõisas esimesed talud päriseks. 19. sajandi lõpus sooritas üks mõisniku poegadest enesetapu, mis pani aluse kummituslugudele, mistõttu hakati Pärlijõe teisele kaldale ehitama uut härrastemaja (tänapäeva Sänna mõis).^[6]

Sänna mõisa hoone, mis on säilinud tänini, ehitati lõplikult valmis Budberg-Bönninghausenite valitsusajal 1875. aastal. Vana härrastemaja oli ühekorruseline saviehitis, mis ei olnud sobiv härrastele, seetõttu ehitati uus ja moodsam häärber kaugemale mõisasüdamest. Uus häärber ehitati esimesest majast umbes 100 m kaugemale. Uus asukoht on maa-aluste varakambrite, piinakambrite, keldrite ja salakäikude legendise tekkimise aluseks.^[2]

Pärast uue maja valmimist 1875. aastal jäi vana häärber pooltühjaks. Hoone muutus elamiskõlbmatuks ning Eesti valitsuse ajal müüdi häärber Jakob Orgile, kes lasi hoone lammutada.^[6]

Alates 1889. aastast kuulusid valdused von Fuchsidele. Lisaks mõisale kuulus talle veejõul töötav jahu- ja saeveski. Mõisa omanikku Karl Matthias von Fuchsi on kirjeldatud heade sõnadega: härrastemaja omanik olevat talupoegadega hästi läbi saanud, lubanud neil jahti pidada ning 1905. aasta mässu ajal julges omanik ka mõisasse jääda, mitte ei põgenenud. ^[6]

1890. aastal koostas maamõõtja A. Jacoby uue Sänna mõisa plaani, võttes aluseks 1867.-1868. aastal C. Beckmanni mõisa- ja talumaaplaani. 1890. aastate teisel poolel liideti Sänna Rõuge vallaga.^[6]

20. sajandi algul müüs von Fuchs mõisa Arved Leo von zur Mühlenile, kellest sai Sänna mõisa viimane mõisnik. 1919. aastaks oli mõisa park metsastunud, sest mõisnik ei elanud enam mõisahoones. Mõisa ehitised olid heas korras, kuid mitte sisustus – see oli rüüstatud ja puruks pekstud.^[7]

1922. aastal elasid mõisahoones tavalised pered, kusjuures tuppa võeti elama ka loomi. Härrastemaja ja kõrvalhooned ei olnud nii heas seisus: katused lagunesid, aknaid polnud ees ning keegi ei pidanud vajalikuks parandustöid teha.

Aastatel 1934–1935 rekonstrueeriti Sänna mõis rahvamajaks ja raamatukoguks.

2002. aastal oli Rõuge vald nõus Sänna mõisa ühe krooni eest ostjale, kes on nõus Sänna mõisa korda tegema. Sel ajal asusid hoones raamatukogu, korterid, ning kohaliku seltsi kasutada oli saal. Sänna on ainuke säilinud mõisahäärber selles piirkonnas. ^[8] 2006. aastal eraldati Sänna mõisahoone katuse vahetuseks raha. Pärast seda on hoonet ulatuslikult renoveeritud ja kaasajastatud.

Alates 2013. aastast tegutseb Sänna mõisas Leiutajate Külakool.^[9] 2025. aasta seisuga töötavad Sänna mõisas külaraamatukogu ja kogukonnapood. Mõisas korraldatakse regulaarselt kultuuriüritusi (nt kirjanike külastusõhtuid, filmiõhtuid ja kontserte).^[10]