Teine Kongo sõda toimus 1998–2003. aastal Kongo Demokraatliku Vabariigi territooriumil. Mitmed sõdivad mässuliste rühmitused püüdsid kukutada Kinshasas asuvat keskvalitsust, mis oli võimule saanud alles 1997. aastal esimese Kongo sõja ajal. Mõlemad pooled said toetust mitmelt teiselt Aafrika riigilt. 1999. aastal lepiti kokku relvarahu, kuid seda hakati järgima alles 2001. aastal. Pärast edasisi pikki läbirääkimisi kirjutati 2002. aastal alla rahulepingule ja 2003. aastal alustas tööd kõigi parteide esindajatest koosnev valitsus, mis korraldas 2006. aastal vabad valimised.

Kongo keskvalitsus nimetas seda sõda "agressioonisõjaks" (prantsuse keeles guerre d'aggression) või "okupatsioonisõjaks" (prantsuse keeles guerre d'occupation), samas kui mässulised nimetasid seda "taastamissõjaks" (prantsuse keeles guerre de rectification).

Sõjaohvrite täpne arv pole teada: hinnanguliselt hukkus sõjas rohkem kui kolm miljonit inimest.

2002. aasta rahuleping ja 2006. aasta valimised ei lõpetanud Kongo konflikte. Alates 1994. aastast toimuvad idapoolsetes Kivu ja Ituri provintsides väiksema ulatusega relvakonfliktid. Need eskaleerusid 2007. aastal Kolmandaks Kongo sõjaks, mis lõppes 2009. aastal.