Eesti kirikute loend haldusüksuste kaupa loetleb Eesti kirikud maakondade, valdade ja linnade kaupa.

Loend sisaldab järgmiste konfessioonide kirikuid (pühakodasid):

• Adventistide Koguduste Eesti Liit (AKEL)
• Eesti Apostlik-Õigeusu Kirik (EAÕK)
• Armeenia Apostlik Kirik (AAK)
  Armeenia Apostliku Kiriku Eesti Püha Gregoriuse Kogudus
• Eesti Evangeeliumi Kristlaste ja Baptistide Koguduste Liit (EEKBKL)
• Eesti Evangeelne Luterlik Kirik (EELK)
• Eesti Karismaatiline Episkopaalkirik (EKEK)
• Eesti Kristlik Nelipühi Kirik (EKNK)
• Eesti Metodisti Kirik (EMK)
• Eesti Täisevangeelne Kirik
• Eesti Vanausuliste Koguduste Liit (EVKL)
• Eesti Õigeusu Kirik (endine MPEÕK)
• Rooma-Katoliku Kirik (RKK)
  Roomakatoliku Kiriku Apostellik Administratuur Eestis
• Ukraina Kreekakatoliku Kirik (UKKK)
  Ukraina Kreekakatoliku Kiriku Kolmekäelise Jumalaema Kogudus Tallinnas

• Aegviidu vald
  • EELK Aegviidu Aleksandri kirik (1896)

• Anija vald
  • EELK Pikva Miikaeli kabel

• Harku vald
  • EELK Rannamõisa kirik (1905)
  • EELK Harkujärve kogukonnakirik (1994, aastast 2014 EELK omanduses)

• Jõelähtme vald
  • EELK Jõelähtme Püha Neitsi Maarja kirik (14.–20. sajand)
  • Saha kabel

• Keila linn
  • EELK Keila Mihkli kirik (13.–19. sajand)
  • Keila Uusapostlik kirik

Lääne-Harju vald

• • EAÕK Paldiski Püha Georgi kirik (18. sajand)
  • MPEÕK Paldiski Radoneži Vaga Sergi kirik (2015)
  • EELK Paldiski Nikolai kirik (1842)
  • Suur-Pakri kirik (1890) – varemeis
  • Väike-Pakri kirik (1825) – varemeis
  • MPEÕK Suurmärter Panteleimoni kirik (2003)
  • EELK Harju-Madise kirik (15.–20. sajand)
  • Padise klooster
  • EELK Risti kirik (16.–17. sajand)

• Kose vald
  • EELK Kose Püha Nikolause kirik (14.–19. sajand)
  • EELK Tuhala Kaarli kirik (1777)

• Kuusalu vald
  • EELK Kuusalu Laurentsiuse kirik (13.–19. sajand)
  • EELK Leesi Katariina kirik (1867)

• Maardu linn
  • MPEÕK Maardu Peaingel Miikaeli kirik (1998)

• Loksa linn
  • EELK Loksa Püha Neitsi Maarja kirik (1853)
  • MPEÕK Loksa Kroonlinna püha õiglase Joanni kirik

• Raasiku vald
  • EELK Harju-Jaani Ristija Johannese kirik (1863)

• Rae vald
  • EELK Jüri kirik (1886)

• Saku vald
  • EEVK Saku alevi palvemaja

• Saue vald
  • EELK Nissi Maarja kirik (1873)
  • EEVK Nissi palvemaja

• Tallinn
  • AAK Tallinna Jaani Seegi kirik (14.–18. sajand)
  • AKEL Tallinna adventkirik (1923)
  • EAÕK Tallinna Issanda Muutmise peakirik
  • EAÕK Tallinna Jumalaema Templisse Viimise kirik (Kompassi asumis, lammutati 1960)
  • EAÕK Tallinna Püha Siimeoni ja Naisprohvet Hanna kirik (1755, 1870)
  • EEKBKL Tallinna Kalju baptistikoguduse kirik – Kalju kirik (1902)
  • EEKBKL Oleviste kirik (13.–19. sajand)
  • EEKBKL Nõmme baptisti palvemaja
  • EELK Nõmme Rahu kirik (1913)
  • EELK Nõmme Saksa Lunastaja kirik (1932)
  • EELK Tallinna Jaani kirik (1867)
  • EELK Tallinna Kaarli kirik (1870)
  • EELK Tallinna Peeteli kirik (1938)
  • EELK Tallinna Piiskoplik Toomkirik (13.–19. sajand)
  • EELK Tallinna Püha Vaimu kirik (13.–18. sajand)
  • EELK Tallinna Rootsi-Mihkli kirik (16. sajand)
  • EMK Tallinna Metodisti kirik (2000)
  • EVKL Tallinna vanausuliste palvemaja
  • MPEÕK Tallinna Jumalaema Kõikide Kurbade Rõõmu pühakuju kirik (1913)
  • MPEÕK Neeva vaga õigeusulise suurvürsti Aleksandri peakirik – Aleksander Nevski katedraal (1900)
  • MPEÕK Tallinna Jumalaema Sündimise (Kaasani pühakuju) kirik – Tallinna Kaasani kirik (1721)
  • MPEÕK Tallinna Püha piiskop Nikolause kirik (Koplis) (1936)
  • MPEÕK Tallinna Nikolai kirik (Vene tn.) (1827)
  • MPEÕK Tallinna Nõmme Ristija Johannese kirik (1923)
  • MPEÕK Jumalaema Kiirestikuulja ikooni Tallinna kirik
  • RKK Pirita klooster (2001)
  • RKK Tallinna Pühade Apostlite Peetruse ja Pauluse kirik (1246 – 20. sajand)
  • UKKK Tallinna Kolmekäelise Jumalaema kirik (2000)
  • Tallinna Katariina kirik
  • Tallinna Niguliste kirik – Niguliste kirik (13.–20. sajand) – muuseum-kontserdisaal

• Viimsi vald
  • EELK Naissaare kirik (1938) – taastamisel
  • EELK Prangli Laurentsiuse kirik (1848)
  • EELK Randvere kirik (1852)
  • EELK Viimsi Püha Jaakobi kirik (2007)
  • EEKBKL Viimsi Vabakoguduse palvemaja

• Hiiumaa vald
  • EAÕK Puski õigeusu kirik (1891) – varemeis
  • EELK Reigi Jeesuse kirik (1802)
  • Kõpu kirik (1887) – hävinud
  • Kõpu õigeusu kirik-koolimaja (1909)
  • Kõrgessaare Kristuse Sündimise kirik – ei tegutse enam
  • EELK Kärdla Johannese kirik – Kärdla Jaani kirik (1963)
  • EELK Emmaste Immanueli kirik (1867)
  • EELK Mänspe kirik – Mänspe kabel (1908) – EELK Emmaste koguduse abikirik
  • EAÕK Kuriste kirik (1890)
  • EELK Kassari kirik – Kassari kabel (arvat. 1801)
  • EELK Käina Martini kirik (16.–19. sajand) – varemeis
  • EAÕK Kuri Kristuse Taevaminemise kirik (1891) – varemeis
  • EELK Pühalepa Laurentiuse kirik (13.–19. sajand)
  • Paluküla kirik – Palu kirik (1820) – ei ole kasutuses

• Alutaguse vald
  • MPEÕK Alajõe Jumalaema Sündimise kirik (1889)
  • EELK Iisaku kirik (1894)
  • EELK Illuka kirik (1930)
  • MPEÕK Jaama Püha piiskop Nikolause kirik (1904)
  • Kuremäe kloostri kirikud
    • MPEÕK Simeoni ja Anna kirik (1895) – peakiriku kõrval
    • MPEÕK Püha piiskop Nikolai Vaga Arseni Suure kirik (1896) – surnuaial
    • MPEÕK Vaga Sergei kirik (1895) – mäeharjal
    • MPEÕK Kuremäe kloostri Jumalaema Uinumise peakirik (1910)
    • MPEÕK Vasknarva Prohvet Eelija skeeta kirik (1873)
  • EELK Tudulinna Rahu kirik (1939)
  • Tudulinna vana kirik (1766) – varemeis

• Jõhvi vald
  • EELK Jõhvi Mihkli kirik (14.–19. sajand)
  • MPEÕK Jõhvi Issanda Ristimise kirik (1895)

• Kiviõli linn
  • EELK Kiviõli Peetri kirik (1938)
  • MPEÕK Kiviõli Jumalaema Kaitsmise kirik
  • Kiviõli Jumalasünnitaja Kaitsmise kirik – hävinud 1944

• Kohtla-Järve linn
  • Eesti Täisevangeelne Kirik (2017)
  • MPEÕK Issanda Muutmise kirik (1938)
  • Ahtme Püha Joosepi kirik

• Lohusuu vald
  • EELK Lohusuu kirik (1882)
  • MPEÕK Lohusuu Issanda Ristimise kirik (1898)

• Lüganuse vald
  • EELK Lüganuse Ristija Johannese kirik (14.–19. sajand)

• Narva linn
  • EELK Narva Aleksandri kirik
  • EELK Narva Aleksandri Suurkirik (1884)
  • Narva Issanda Muutmise katedraal (1442) – hävinud 1944
  • Narva Jaani kirik (1641–1651) – hävinud 1944
  • Narva Mihkli kirik (1805) – hävinud 1944
  • Püha Aleksander Nevski kirik (1859) – lõpetas tegevuse 1925. aastal, hävinud 1944
  • Narva Peetri kirik (1885–1886) – hävinud 1944
  • Narva rootsi-soome Mihkli kirik, hävinud 1944
  • MPEÕK Narva Issanda Ülestõusmise peakirik (1896)
  • MPEÕK Jumalaema Narva pühakuju kirik (1998–2003)
  • Narva Püha Antoniuse kirik (1903–1907) – hävinud 1944
  • RKK Narva Püha Antoniuse kabel
  • MPEÕK Narva Pühade Kirilluse ja Metoodiuse kirik

• Narva-Jõesuu linn
  • Narva-Jõesuu Nikolai kirik (1900) – hävinud 1944
  • Püha Vürst Vladimiri kirik (1868) – hävinud 1944
  • MPEÕK Püha suurvürst Vladimiri kirik – 1960. aastatel Merikülast äratoodud kabel
  • Meriküla kirik 18. sajand – 1960. aastatel üle viidud Narva-Jõesuu
  • Vaivara Maarja kirik (18. sajand) – hävis 1944
  • Peeterristi kirik (1808) – hävis 1944

• Sillamäe linn
  • MPEÕK Sillamäe Jumalaema Kaasani pühakuju kirik (1995)
  • RKK Sillamäe Püha Adalberti ja Püha Georgiuse kirik (2001)

• Toila vald
  • EELK Pühajõe kirik (1839)
  • Oru lossi Issanda Muutmise kirik (1899–1938) – hävis 1944

• Jõgeva vald
  • EELK Laiuse Püha Jüri kirik (14.–18. sajand)
  • Laiuse Jumalaema Sündimise kirik (1864)
  • EELK Palamuse Püha Bartholomeuse kirik (13.–20. sajand)
  • EAÕK Kaarepere kirik (19. sajandi lõpp)

• Mustvee vald
  • EELK Avinurme kirik (1909)
  • EEKBKL Mustvee Betaania koguduse palvemaja (2008)
  • Mustvee Halastuse ja Püha-Kolmainsuse Ainuusu kirik
  • EELK Mustvee kirik
  • MPEÕK Mustvee Püha Nikolause kirik
  • EVKL Mustvee vanausuliste kirik
  • EVKL Kükita vanausuliste palvemaja
  • EVKL Raja vanausuliste palvemaja

• Põltsamaa vald
  • EAÕK Põltsamaa Pühavaimu kirik (1895)
  • EELK Põltsamaa Niguliste kirik (18.–20. sajand)
  • EELK Kursi Maarja-Eliisabeti kirik (1648, 1872)

• Torma vald
  • EELK Torma Maarja kirik (1766)
  • EELK Mustvee kirik (1880)
  • EVKL Mustvee vanausuliste palvemaja
  • MPEÕK Püha piiskop Nikolause kirik (1864)

• Järva vald
  • EELK Ambla Püha Neitsi Maarja kirik (13.–19. sajand)
  • EELK Järva-Jaani Ristija Johannese kirik (13.–19. sajand)
  • EELK Järva-Madise Püha Matteuse kirik (13.–19. sajand)
  • EELK Järva-Peetri Püha Peetruse kirik (14.–19. sajand)
  • EELK Koeru Maarja-Magdaleena kirik (13.–19. sajand)
  • Kikevere Jumalaema Uinumise kirik, põletati maha 1941
  • Pilistvere Risti kirik (1872–1874) – hävinud 17.07.1941

• Paide linn (haldusüksus)
  • EELK Anna kirik (1780)

• Paide
  • EELK Paide Püha Risti kirik (1848)
  • Paide Uspenski kirik (hävis tulekahjus 1994)

• Türi vald
  • EELK Türi Püha Martini kirik (13.–19. sajand)
  • Püha Kolmainu Jumala kirik (1910)
  • MPEÕK Türi Püha Kolmainu Jumala kirik (2013)
  • EELK Käru kirik (1860)

• Haapsalu linn
  • AKEL Haapsalu adventkirik (avatud 2001)
  • EAÕK Haapsalu Maria-Magdaleena kirik (1852)
  • EELK Haapsalu Jaani kirik (17.–19. sajand)
  • EELK Haapsalu linnusekirik – Haapsalu toomkirik (13.–15. sajand)
  • EMK Haapsalu metodisti kirik
  • MPEÕK Haapsalu Neeva vaga õigeusulise suurvürsti Aleksandri kirik (1897)

• Lääne-Nigula vald
  • EELK Lääne-Nigula Püha Nikolause kirik (13.–19. sajand)
  • EELK Piirsalu kirik (1863)
  • EELK Kullamaa Püha Johannese kirik (13.–19. sajand)
  • Kullamaa Püha Nikolause kirik (1908) – varemeis
  • EELK Martna Püha Martini kirik (16.–19. sajand)
  • Väike-Lähtru Jumalaema Sündimise kirik (1889) – varemeis
  • Osmussaare kirik – Osmussaare kabel (1766) – varemeis
  • Rooslepa kirik – Rooslepa kabel (1834)
  • Sutlepa kirik – Sutlepa kabel (1627 v. 1699) – asub aastast 1970 Tallinnas Eesti Vabaõhumuuseumis
  • EELK Noarootsi Püha Katariina kirik (16.–18. sajand)
  • EELK Nõva Püha Olevi kirik (18. sajand)
  • EELK Ridala Püha Maarja Magdaleena kirik (13.–16. sajand)
  • EEKBKL Ridala Baptisti palvemaja (esialgne 1900, hävis tulekahjus 1983; uus palvemaja 1988)
  • EEKBKL Põgari palvemaja
  • Mäemõisa Püha Nikolause kirik (1896) – varemeis

• Vormsi vald
  • EELK Vormsi Püha Olavi kirik (14.–17. sajand)
  • Vormsi Ülestõusmise kirik (1890) – varemeis

• Haljala vald
  • EELK Haljala Püha Mauritiuse kirik (15.–19. sajand)
  • EELK Esku kabel (1845)
  • EELK Ilumäe kirik – Ilumäe kabel (1843)
  • EELK Käsmu kirik – Käsmu kabel (1863)
  • EELK Vainupea kirik – Vainupea kabel (1893)

• Kadrina vald
  • EELK Kadrina Katariina kirik (15.–16. sajand)

• Kunda linn
  • EELK Kunda kirik (1928)

• Rakvere linn
  • EELK Rakvere Kolmainu kirik (15.–19. sajand)
  • Rakvere Pauluse kirik (1940) – kasutusel spordisaalina
  • MPEÕK Rakvere Jumalaema Sündimise kirik (1839)
  • Rakvere Metodisti kirik

• Tamsalu vald
  • EELK Tamsalu Lunastaja kirik (1993)

• Tapa vald
  • EELK Tapa Jakobi kirik (1932)
  • MPEÕK Tapa Ristija Johannese kirik (1904)

• Vinni vald
  • EELK Tudu kirik (1925)
  • EELK Viru-Jaakobi kirik (15.–19. sajand)

• Viru-Nigula vald
  • EELK Viru-Nigula kirik (13.–18. sajand)
  • Viru-Nigula Maarja kabel
  • MPEÕK Peterburi püha õndsa Ksenia kirik – ehitamisel

• Väike-Maarja vald
  • EELK Simuna Siimona ja Juuda kirik (15.–19. sajand)
  • EELK Väike-Maarja kirik (15.–19. sajand)

• Kanepi vald
  • EELK Kanepi Jaani kirik (1810)
  • Krüüdneri kirik (1904)
  • Maaritsa Issanda Muutmise kirik (1873)

• Põlva vald
  • EAÕK Kähri õigeusu kirik (1900)
  • EMK Kärsa metodisti kirik (1878) – endine õigeusu kirik
  • EAÕK Põlva Peaingel Miikaeli kirik
  • EELK Põlva Püha Neitsi Maarja kirik (15.–19. sajand)
  • Rasina Martini kirik (1931) – varemeis

• Räpina vald
  • EELK Räpina Miikaeli kirik (1785)
  • EMK Räpina metodisti kirik
  • EAÕK Räpina Püha Sakariase ja Elisabeti õigeusu kirik (1834)
  • EAÕK Võõpsu Püha Nikolai kirik (1872)
  • EELK Mehikoorma kirik (1896) – varemeis
  • EAÕK Mehikoorma Issandamuutmise kirik (1933)

• Häädemeeste vald
  • EAÕK Häädemeeste Issandamuutmise kirik (1872)
  • EAÕK Laiksaare Ristija Johannese kirik (1924)
  • EAÕK Treimani Pühade Apostlite Peetruse-Pauluse kirik (1935)
  • EELK Häädemeeste Miikaeli kirik (1874)
  • EELK Treimani kirik (1867)
  • EAÕK Tahkuranna Jumalasünnitaja Uinumise kirik (1872)
  • EELK Tahkuranna kirik (1891) – varemeis
  • Uulu mõisa kirik (1880)

• Kihnu vald
  • EAÕK Kihnu Nikolause kirik (1862)

• Lääneranna vald
  • EELK Hanila Pauluse kirik (13.–19. sajand)
  • EELK Karuse Margareeta kirik (13.–18. sajand)
  • Uue-Virtsu Kristuse Sündimise kirik (1889) – varemeis
  • EELK Kirbla Püha Nikolause kirik (16.–19. sajand)
  • EELK Lihula Eliisabeti kirik (1878)
  • Lihula Püha Neeva Aleksandri kirik (1889) – varemeis
  • EAÕK Kalli õigeusu kirik
  • EELK Mihkli Miikaeli kirik (13.–19. sajand)
  • EAÕK Paadrema Püha Kolmainu kirik (1889)
  • EELK Varbla Püha Urbanuse kirik (1861)

• Põhja-Pärnumaa vald
  • EAÕK Kergu Sinaiida kirik (1877)
  • Kergu Andrease kirik (1696) – hävinud
  • EELK Vändra Martini kirik (1787)
  • EAÕK Vändra Apostlite Peetruse-Pauluse kirik
  • EAÕK Uduvere Apostel Jakobi kirik (1866)
  • EELK Pärnu-Jakobi kirik (16.–20. sajand)

• Pärnu linn
  • EAÕK Pärnu Issandamuutmise kirik (1904)
  • EEKBKL Pärnu Immaanueli baptistikoguduse palvela (1896)
  • EEKBKL Pärnu Saalemi kirik
  • EELK Pärnu Eliisabeti kirik (18.–19. sajand)
  • RKK Pärnu Apostel Johannese kirik – kabel
  • EMK Pärnu Agape kirik
  • MPEÕK Pärnu Suurmärter Katariina kirik (1769)
  • Pärnu Nikolai kirik (13.–19. sajand) – hävinud
  • Pärnu toomkirik – hävinud
  • EAÕK Jõõpre Püha Suurkannataja Georgiuse kirik (1879)
  • EAÕK Uruste Issanda Taevaminemise kirik (1873)
  • EELK Audru Püha Risti kirik (17.–19. sajand)
  • EAÕK Pootsi-Kõpu Kolmainu kirik (1873)
  • EELK Tõstamaa Maarja kirik (1768)
  • EAÕK Seli Püha Vassili kirik (1864)
  • Tõhela Ristija Johannese kirik (1895)
  • Kastna Püha Arseniuse apostlik-õigeusu kirik (1904) – ei tegutse

• Saarde vald
  • EELK Saarde Katariina kirik (1859)

• Sindi linn
  • EAÕK Sindi Jumalailmumise kirik (1899)
  • Kool-kiriku hoone (1901), vaata Kooli 9

• Tori vald
  • EELK Tori Püha Jüri kirik (19. sajand) – taastamisel
  • Tori Kristuse Sündimise kirik – Randivälja kirik (1868) – ei ole kasutusel

• Kehtna vald
  • EELK Järvakandi Pauluse kirik (1996)
  • EELK Kehtna Peetri kirik (1854) – endine Järvakandi Peetri kirik
  • EAÕK Lelle Püha Kolmainu kirik (1868)

• Kohila vald
  • EAÕK Angerja Issanda Taevaminemise kirik
  • EELK Hageri Lambertuse kirik – Hageri Lamberti kirik (1892)

• Märjamaa vald
  • Märjamaa Apostlik-Õigeusu Jumalaema Kaitsmise kirik (1892) – varemeis
  • EAÕK Velise Ristija Johannese kirik (1888)
  • EELK Märjamaa Maarja kirik (14.–19. sajand)
  • EELK Vigala Maarja kirik (15.–20. sajand)

• Rapla vald
  • EELK Rapla Maarja-Magdaleena kirik (1901)
  • EELK Juuru Mihkli kirik (13.–19. sajand)
  • Juuru Püha Vassili Suure õigeusu kirik – varemeis
  • EELK Vahastu kirik (1883)

• Muhu vald
  • EAÕK Muhu-Hellamaa Apostlite Peetruse-Pauluse kirik (1866)
  • EAÕK Muhu-Rinsi Jumalaema Neitsi Maria kirik
  • EELK Muhu Katariina kirik (13.–18. sajand)

• Ruhnu vald
  • EELK Ruhnu Maarja Magdaleena vana kirik (17.–19. sajand)
  • EELK Ruhnu Maarja Magdaleena uus kirik (1912)

• Saaremaa vald
  • EAÕK Piila Peaingel Miikaeli kirik (1873)
  • EELK Kaarma Peeter-Pauli kirik (13.–15. sajand)
  • EAÕK Kuressaare Püha Nikolai kirik (1790)
  • EEKBKL Kuressaare Siioni kirik
  • EELK Kuressaare Laurentiuse kirik (18.–19. sajand)
  • EMK Kuressaare metodisti kirik
  • EELK Kihelkonna Mihkli kirik (13.–19. sajand)
  • EELK Kärla Maarja-Magdaleena kirik (1843)
  • Mõnnuste Kolmainu Jumala Ilmumise õigeusu kirik (1868) – varemeis
  • EAÕK Kahtla Vassilius Suure kirik (1873)
  • EAÕK Metsküla Issanda Templisse Viimise kirik (1914)
  • EAÕK Leisi Püha Olga kirik (1873)
  • EAÕK Pärsama Irkutski Innokenti kirik (1908)
  • EELK Karja Katariina kirik (13.–18. sajand)
  • EAÕK Lümanda Issanda Muutmise kirik (1868)
  • EELK Anseküla Maarja kirik (1864) – hävinud
  • EELK Salme kirik (2009)
  • EELK Tiirimetsa palvela (1935)
  • Tiirimetsa Kristuse Sündimise kirik (1873) – õigeusu kirik, laguneb
  • EELK Jämaja Kolmainu kirik (1864)
  • Torgu Apostel Johannese kirik (1873) – õigeusu kirik, varemeis
  • EELK Valjala Martini kirik (13.–20. sajand)
  • EAÕK Mustjala Prohvet Eeliase kirik (1873)
  • EELK Mustjala Anna kirik (1863)
  • EAÕK Levala Püha Neeva Aleksandri kirik (1927)
  • EAÕK Ööriku Püha Kolmainsuse kirik (1873)
  • EELK Saaremaa Jaani kirik (18.–19. sajand)
  • EAÕK Reomäe Apostel Andrease kirik (1873)
  • EELK Püha Jakobi kirik (13.–20. sajand)
  • EAÕK Tornimäe Neitsi Maarja Kaitsmise kirik (1873)
  • EELK Pöide Maarja kirik (13.–15. sajand)

• Elva vald
  • EAÕK Kavilda Püha Aleksandri kirik (1873)
  • EELK Puhja Dionysiose kirik (14.–18. sajand)
  • EELK Rannu Martini kirik (15.–19. sajand)
  • Rannu Issanda Jeruusalemma Minemise kirik (1901) – hoonet ei kasutata
  • EELK Rõngu Mihkli kirik (14.–20. sajand)
  • EELK Elva kirik (1920)

• Kambja vald
  • EELK Kambja kirik (15.–20. sajand)

• Kallaste linn
  • EVKL Kallaste vanausuliste palvemaja

• Kastre vald
  • EELK Võnnu Jakobi kirik (13.–19. sajand)

• Nõo vald
  • EELK Nõo Püha Laurentsiuse kirik (13.–19. sajand)
  • EAÕK Nõo õigeusu kirik (1873)

• Peipsiääre vald
  • EVKL Kasepää vanausuliste palvemaja
  • EVKL Suur-Kolkja vanausuliste palvemaja
  • EVKL Varnja vanausuliste palvemaja (1903)
  • EVKL Väike-Kolkja vanausuliste palvemaja (19. sajandi lõpp)
  • EELK Vara Brigitta kirik (1855)
  • MPEÕK Välgi Neeva Aleksandri kirik (19. sajand)
  • EELK Alatskivi kirik (19. sajand)
  • MPEÕK Nina Jumalaema Kaitsmise kirik (1828)
  • EELK Kodavere Mihkli kirik (1777)

• Tartu linn
  • AKEL Tartu adventkirik (1929)
  • EAÕK Tartu Püha Aleksandri kirik
  • EAÕK Tartu Uspenski kirik – Tartu Jumalaema Uinumise kirik (1783)
  • EEKBKL Tartu Kolgata kirik (1994, EEKBKL omandis aastast 2013)
  • EEKBKL Tartu Salemi baptistikoguduse kirik (2000)
  • EELK Tartu Jaani kirik (14.–20. sajand)
  • EELK Tartu Maarja kirik (1842) – oli kasutusel võimlana
  • EELK Tartu Pauluse kirik (1917)
  • EELK Tartu Peetri kirik (1884)
  • EMK Tartu Püha Luuka kirik (2002)
  • EVKL Tartu vanausuliste palvemaja
  • MPEÕK Tartu Püha Jüri kirik (1870)
  • RKK Tartu Katoliku kirik (1899)
  • Tartu Ülikooli kirik (1860) – endine luteri kirik, rekonstrueeritud raamatukoguks
  • Tartu toomkirik (13.–15. sajand) – varemeis
  • Tartu Püha Vaimu kirik - katoliku kirik, lammutatud 19. sajandi lõpul
  • Tartu vana Maarja kirik - katoliku kirik, lammutatud 19. sajandi algul
  • Tartu Jakobi kirik - katoliku kirik, hävinud 17. sajandil (?)
  • Tartu Nikolai kirik - õigeusu kirik, hävinud 17. sajandil
  • Tartu Georgi kirik - õigeusu kirik, hävinud 16. sajandil

• • EELK Äksi Andrease kirik (18.–19. sajand)
  • EELK Maarja-Magdaleena kirik (14.–19. sajand)
  • Piirissaare Peeter-Pauli kirik
  • EVKL Piirissaare vanausuliste palvemaja

• Otepää vald
  • EAÕK Ilmjärve õigeusu kirik
  • EELK Otepää Maarja kirik (19. sajand)
  • EELK Sangaste Püha Andrease kirik (18.–19. sajand)

• Tõrva vald
  • EEKBKL Tõrva "Immaanueli" baptistikoguduse palvemaja (1928)
  • EELK Tõrva kirik (1905) – kirik-kammersaal, endine Helme-Tõrva apostlik-õigeusu Kristuse Sündimise kirik
  • EELK Helme Maarja kirik (14.–18. sajand) – varemeis
  • EELK Taagepera Jaani kirik (1674)

• Valga vald
  • EAÕK Preestermärter Issidori peakirik (1898)
  • EELK Valga Jaani kirik (1787)
  • MPEÕK Jumalaema Vladimiri pühakuju kirik (2001)
  • RKK Valga Püha Vaimu kirik (1907) – taastamisel
  • EELK Laatre Laurentsiuse kirik (19. sajand)
  • EAÕK Laatre Pühavaimu kirik
  • EAÕK Karula õigeusu kirik
  • EELK Karula Maarja kirik (15.–19. sajand) – varemeis
  • EAÕK Laanemetsa õigeusu kirik (1855)
  • EELK Hargla kirik (19. sajand)

• Mulgi vald
  • EELK Halliste Püha Anna kirik (15.–19. sajand)
  • EELK Karksi Peetri kirik (1778)
  • EAÕK Karksi-Nuia Püha Aleksei kirik (1876)
  • EAÕK Tuhalaane Jumalaema Uinumise kirik (1872)
  • EELK Mõisaküla Maarja-Magdaleena kirik (1934) – hävinud 1983, taastatud 2000
  • MPEÕK Mõisaküla Püha Vaimu kirik (1942)

• Põhja-Sakala vald
  • EAÕK Arussaare Issanda Taevaminemise kirik (1873)
  • EELK Pilistvere Andrease kirik (13.–19. sajand)
  • EELK Kõpu Peetri kirik (1825)
  • EAÕK Suure-Jaani Pühade apostlite Peetruse ja Pauluse kirik (1908)
  • EELK Suure-Jaani Johannese kirik (13. sajand)

• Viljandi linn
  • EEKBKL Viljandi baptistikoguduse palvemaja (1960)
  • EELK Viljandi Jaani kirik (15.–19. sajand)
  • EELK Viljandi Pauluse kirik (1866)
  • MPEÕK Viljandi Ristija Johannese kirik
  • Viljandi linnakirik (14.–16. sajand)

• Viljandi vald
  • EELK Paistu Maarja kirik (13.–19. sajand)
  • EAÕK Tänassilma kirik (1897)
  • EAÕK Lalsi kirik – Kolga-Jaani õigeusu kirik (1872)
  • EELK Kolga-Jaani Johannese kirik (14.–20. sajand)
  • EELK Tarvastu Peetri kirik (15.–19. sajand)
  • EAÕK Suislepa kirik (1891)

• Antsla vald
  • EELK Kraavi prohvet Eelija kirik (1895) – endine apostlik-õigeusu kirik
  • EELK Urvaste Püha Urbanuse kirik (13.–19. sajand)

• Rõuge vald
  • EELK Rõuge Maarja kirik (1730)
  • EELK Ruusmäe kirik (1935)
  • EAÕK Plaani Püha Nikolai kirik (1874)
  • EAÕK Mõniste-Ritsiku Ristija Johannese kirik (1855)
  • EELK Roosa kirik (1893)

• Setomaa vald
  • EAÕK Meeksi Ristija Johannese kirik (1953)
  • EAÕK Saatse Paraskeva kirik (1801)
  • EAÕK Värska Püha Georgiuse kirik (1907)

• Võru linn
  • EAÕK Võru Suurkannataja Ekaterina kirik (1789)
  • EELK Võru Katariina kirik (1793)

• Võru vald
  • EELK Heimtali kirik – Peetrimõisa kirik (1939)
  • EELK Pindi Jaani kirik (1881)
  • EELK Vastseliina Katariina kirik (18.–20. sajand)
  • EAÕK Puutli õigeusu kirik (1935)

• Eesti kirikute loend konfessioonide kaupa

• Tallinna kirikurenessanss – Tallinna kultuuriväärtuste amet selgitab. – Sirp, 23. august 2002
• Pärnu maakonna kirikute kohta: Turismiinfotahvlite tekstid