Märgisüsteem on märkide komplekt koos nende kasutamise reeglitega (koodidega). Märgisüsteeme kasutavad organismid, inimesed ja sotsiaalsed grupid.
Inimesele eriomane märgisüsteem on keel ning keelevõimel põhinevad kultuuri märgisüsteemid.
Märgisüsteeme uurib semiootika.