Indrek Toome valitsus asus ametisse Eesti NSV Ministrite Nõukogu koosseisuna 16. novembril 1988, 25. detsembril 1989 jõustunud seadusega korraldati see ümber Eesti NSV Valitsuseks. Indrek Toome valitsus oli ametis kuni 3. aprillini 1990.

• Eesti NSV Ministrite Nõukogu Asjadevalitseja Elmar Matt

Eesti NSV MN juures tegutsesid ja MN kuulusid ka:

• Eesti NSV Riiklik Kinematograafia Komitee, esimees Raimund Penu
• Eesti NSV Riiklik Ehituskomitee (Государственныи Комитет Эстонской ССР по делам строителъства, Госстрой ЭССР), esimees Rein Kvell, Tallinnas Harju tänav 11
• Eesti NSV Riiklik Hindade Komitee, esimees Juri Vladõtšin
• Eesti NSV Riiklik Kirjastuste, Polügraafia ja Raamatukaubanduse Komitee;
• Eesti NSV Kehakultuuri ja Spordikomitee, esimees Mati Mark
• Eesti NSV Riiklik Televisiooni ja Raadio Komitee, esimees Jüri Paalma
• Eesti NSV Materiaal-Tehnilise Varustuse Peavalitsus, juhataja Erhard Toots
• Eesti NSV Tehnilise ja Mäejärelevalve Valitsus, juhataja Ülo Tambet
• Eesti NSV Ministrite Nõukogu juures asuv Statistika Keskvalitsus, juhataja Aleksandr Zahmakin
• Eesti NSV Ministrite Nõukogu Riiklik Töökomitee, esimees Vassili Konstantinov
• Eesti NSV Riiklik Kütuse- ja Energeetikakomitee^[2] (1988–1990). Eesti NSV Kütuse- ja Energeetikakomiteele allusid Eesti territoriaalsed tootmiskoondised Eesti Kütus, Eesti Gaas ja Eesti Kommunaalsoojusenergia. Lisaks sellele kuulusid Eest NSV kütuse- ja energeetikakompleksi tootmiskoondised Eesti Energia ja Eesti Põlevkivi, Lentransgaasi Magistraaltorustike Eesti Territoriaalse Liini-Tootmisvalitsus, Tartu Piirkondlik Vedelgaasibaas, Tootmiskoondis Põlevkivikeemia ja Kiviõli Põlevkivikeemiatehas kütuse ja energiaressursside tootmise osas.
• Eesti NSV Looduskaitse ja Metsamajanduse Komitee (1988–1990)^[3]
• Eesti NSV Riiklik Tööstuskomitee (1988–1990) ^[4]

6. detsembril 1989 likvideeris Eesti NSV Ülemnõukogu Presiidium seadlusega "Eesti Nõukogude Sotsialistliku Vabariigi Valitsusest": Eesti NSV Elamu- ja Kommunaalmajanduse Ministeeriumi, Eesti NSV Teraviljasaaduste Ministeeriumi ja Riikliku Agrotööstuskomitee; Riikliku Ehituskomitee; Riikliku Hariduskomitee; Riikliku Kehakultuuri- ja Spordikomitee; Riikliku Kultuurikomitee; Riikliku Kütuse- ja Energeetikakomitee; Riikliku Looduskaitse ja Metsamajanduse Komitee; Riikliku Materiaal-Tehnilise Varustuse Komitee; Riikliku Plaanikomitee; Riikliku Statistikakomitee; Riikliku Tehnilise ja Mäejärelevalve Komitee; Riikliku Transpordikomitee; Riikliku Töö ja Sotsiaalküsimuste Komitee ning Riikliku Tööstuskomitee.

Sama seadusega moodustati:

• Ehitusministeerium likvideeritava Eesti NSV Riikliku Ehituskomitee baasil;
• Haridusministeerium likvideeritava Eesti NSV Riikliku Hariduskomitee baasil;
• Keskkonnaministeerium likvideeritava Eesti NSV Riikliku Looduskaitse ja Metsamajanduse Komitee baasil:
• Kultuuriministeerium likvideeritava Eesti NSV Riikliku Kultuurikomitee baasil;
• Majandusministeerium likvideeritava Eesti NSV Riikliku Plaanikomitee baasil;
• Materiaalsete Ressursside Ministeerium likvideeritava Eesti NSV Riikliku Materiaal-Tehnilise Varustuse Komitee baasil;
• Põllumajandusministeerium likvideeritava Eesti NSV Riikliku Agrotööstuskomitee baasil;
• Sotsiaalministeerium likvideeritava Eesti NSV Riikliku Töö ja Sotsiaalküsimuste Komitee baasil;
• Transpordiministeerium likvideeritava Eesti NSV Riikliku Transpordikomitee baasil;
• Tööstus- ja Energeetikaministeerium likvideeritavate Eesti NSV Riikliku Tööstuskomitee ning Eesti NSV Riikliku Kütuse- ja Energeetikakomitee baasil^[5].

• 9. jaanuaril 1990 võttis ENSV Valitsus vastu määruse, millega tehti NSVL Hoiupanga Eesti Vabariiklikule Pangale (juhataja Ruslan Dontsov), NSVL Agrotööstuspanga Eesti Vabariiklikule Pangale (juhataja Harry-Elmar Volmer), NSVL Elamu-Sotsiaalpanga Eesti Vabariiklikule Pangale (juhataja Saima Strenze) ning NSVL Tööstus-Ehituspanga Eesti Vabariiklikule Pangale (juhataja Aleksander Gellart) ülesandeks korraldada alates 09.01.1990 vabariiklike pankade töö ümber ENSV pangaseaduse alusel^[6].
• 16. jaanuaril 1990 võttis ENSV Valitsus vastu määruse riiklike ametite moodustamise kohta, mille alusel loodi ehitusministri valitsemisalas Kommunaalamet, justiitsministri valitsemisalas Perekonnaseisuamet, keskkonnaministri valitsemisalas Metsaamet ja Veeamet, kultuuriministri valitsemisalas Eesti Spordiamet ja Eesti Turismiamet, majandusministri valitsemisalas Hinnaamet, Litsentsiamet, Eesti Standardiamet ja Teraviljaamet, põllumajandusministri valitsemisalas Maa-amet, rahandusministri valitsemisalas Maksuamet ja Tolliamet, siseministri valitsemisalas Tuletõrje- ja Päästeamet, sotsiaalministri valitsemisalas Migratsiooniamet, transpordiministri valitsemisalas Lennuamet, Maanteede Amet ja Veeteede Amet, tööstus- ja energeetikaministri valitsemisalas Tehnilise Järelevalve Amet ning riigiministri valitsemisalas Statistikaamet^[7].
• 30. jaanuaril 1990 võtsid EKP Keskkomitee ja ENSV Valitsus vastu määruse, mille kohaselt lõpetati EKP Keskkomite ja ENSV Valitsuse ühisotsuste vastuvõtmine majandusliku ja sotsiaalse arengu küsimustes. Ühtaegu kehtestati, et ENSV Valitsus saab õiguse varasemaid ühisotsuseid ja -määrusi muuta ning vajadusel neid osaliselt või tervikuna kehtetuks tunnistada.
• 19. veebruaril 1990 võttis ENSV Valitsus vastu määrus, millega lõpetati vabariikliku sotsialistliku võistluse korraldamine kõigis eluvaldkondades.
• 5. märtsil 1990 otsustas ENSV valitsus otsus likvideerida NSVL Agrotööstuspanga Eesti Vabariiklik Pank ja moodustada NSVL Agrotööstuspanga Eesti Vabariikliku Panga ja kõigi selle allasutuste baasilt Eesti Maapank.
• 5. märtsil 1990 otsustas ENSV valitsus moodustada ka Eesti Sotsiaalpanga, kellele anti üle senise NSVL Elamu-Sotsiaalpanga Eesti Vabariikliku Panga põhikirja-, reserv- ja muud fondid.
• 11. märtsil 1990 otsustas ENSV Valitsus moodustada ENSV Riikliku Välismajandusameti, mille peadirektoriks nimetati Mehis Pilv.
• 30. märtsil 1990 nimetati ENSV Valitsuse määrusega senine ENSV Riiklik Litsentsiamet ümber ENSV Riiklikuks Kaubanduslitsentsiametiks. Põhimääruse kohaselt oli Kaubanduslitsentsiamet ENSV Valitsuse alluv riigivalitsemisorgan, mis korraldas kaupade (põllumajandussaadused, tarbekaup, tootmistehnilise otstarbega toodang, mitmesugused tööd ja teenused) sisse- ja väljaveo riiklikku reguleerimist.

3. aprillil 1990 nimetas Eesti Vabariigi Ülemnõukogu oma otsusega Edgar Savisaare ENSV Valitsuse esimeheks (peaministriks).