Viljandi linnavalitsus on Viljandi linna täitevorgan. Viljandi linnavalitsuse moodustab Viljandi linnavolikogu, linnavalitsuse juht on linnapea. Eestis on linnapeadel ja abilinnapeadel poliitilised ametikohad, linnavalitsuse ametnike ja töötajate ametikohad on apoliitilised. 2017. aasta 3. novembrist on Viljandi linnapea Madis Timpson.
Linnavalitsus asub Viljandi raekojas aadressil Linnu tänav 2.