Tartu muuseumide loend loetleb muuseume, mis asuvad Tartus.

• A. Le Coqi Õllemuuseum (eramuuseum)
• Teaduskeskus Ahhaa
• Tartu tähetorn (Tartu Ülikooli muuseumi allasutus)
• Baeri muuseum
• Eesti Kirjandusmuuseum (teadusasutus, mitte klassikaline muuseum)
• Eesti Lennundusmuuseum (väljaspool linna piiri, kuid linnaga tihedalt seotud)
• Eesti Pimedate Muuseum (eramuuseum)
• Eesti Rahva Muuseum
  • Eesti Rahva Muuseumi peahoone
  • Eesti Rahva Muuseumi endine peamaja
  • Eesti Rahva Muuseumi endine näitusemaja
  • Eesti Rahva Muuseumi Postimuuseum (endine Eesti Postimuuseum)
  • Eesti Rahva Muuseumi Raadi park
• Eesti Spordi- ja Olümpiamuuseum
• Kaitseväe Akadeemia muuseum
• Skulptor Endel Taniloo kortermuuseum (eramuuseum)
• Tartu Kunstimaja
• Tartu Kunstimuuseum
• Tartu Linnaajaloo Muuseumid
  • Tartu Linnamuuseum
  • Laulupeomuuseum
  • KGB kongide muuseum
  • Oskar Lutsu majamuuseum
  • Tartu linnakodaniku muuseum
• Tartu Mänguasjamuuseum
• Tartu Ülikooli muuseum (varem Tartu Ülikooli Ajaloo Muuseum)
• Tartu Ülikooli Loodusmuuseum (selle all tegutsevad ka zooloogia- ja geoloogiamuuseum)
• Tartu Ülikooli Botaanikaaed
• Tartu Ülikooli kunstimuuseum (varem Tartu Ülikooli Klassikalise Muinasteaduse Muuseum, nüüd Tartu Ülikooli muuseumi osa)
• TYPA trüki- ja paberikunstikeskus (eramuuseum, varem trükimuuseum ja paberimuuseum)

• Anton Starkopfi ateljeemuuseum (1972–1997)
• Dmitri Iljitš Uljanovi kortermuuseum (hiljem Tudengimuuseum, 1982–1997)
• Karl Ristikivi muuseum (1989–2007)