Muu, Teadus, Tervis

Tartu viiruseuurija: avastame kiiremini levivaid tüvesid järjest rohkem, ent nakatumise suure kasvu põhjus on mujal

SARS-CoV-2 viiruse osakestega (lilla) tugevalt nakatunud apoptootilise rakk (roheline)
SARS-CoV-2 e osakestega (lilla) tugevalt nakatunud apoptootilise rakk (roheline)

„Ma arvan, et asi on ikkagi inimeste enda käitumises – selles, kui hästi nad ise kõiki vajalikke ettevaatusabinõusid kasutavad. Ma arvan, et 80-90 protsenti nakkuse tõusust on välditav klassikaliste meetoditega, millest on kogu aeg räägitud,” ütles Radko Avi Fortele.

Radko Avi tegutseb te täisgenoomide analüüsiga tegelevas meeskonnas nimega KoroGeno-EST. Just see töörühm selgitab välja, kas ja kui laialdaselt levivad s e tüved, nende hulgas viimasel ajal rohkelt kõneainet pakkunud Lõuna- Vabariigi (LAV), Suurbritannia (UK) ja Brasiilia variandid, ning ka mõned kitsamad mutatsioonid, näiteks praegu USAs pead tõstev nimega E484K.

ülikoolis sekveneeritakse neid positiivseks tunnistatud e, mis pärinevad sse sisenemisel võetud proovidest või kelle nakkusallikas on teadmata või milles tuvastatud on S-geeni mutant – kelle S-geenis on väike jupp puudu. See mutatsioon esineb just kurikuulsas Suurbritannia tüves.

1.jaanuarist kuni siiamaani on ülikoolis genotüpeeritud kokku 531 tüve, neist 147 on olnud S-geeni mutandid. Suurbritannia tüvesid on leitud 73, Lõuna- Vabariigi (LAV) tüvesid 5 tükki. Kusjuures ainuüksi viimasel nädalal tuvastati UK-varianti 28 proovis

„Lisaks oleme leidnud kaks huvitavat tüve, mis oma ülejäänud genoomi järjestuste põhjal ei ole LAV-tüved, aga nad kannavad mutatsiooni E484K, mis võib põhjustada nende sarnasuse LAV-tüvele” ütles Radko Avi.

LAV-i tüve ennast on seni avastatud vaid välismaalt tulnud inimestelt ja ei ole veel teada, kas ta sees ka edasi levib.

TOP3 levinuimad tüved alates septembrist kuni siiamaani on uurimisrühma andmeil aga sellised:

  • B.1
  • B.1.1.10
  • B.1.258

Neist kaks esimest ei ole S-geeni mutatsiooniga ehk need on nö ikut tüüpi, mille S-geen kunagi Wuhanist alguse sai, ning kolmas on S-geeni mutatsiooniga.

Nagu öeldud, siis teostab töörühm e täisgenoomi analüüsi neist proovidest, mis on tunnistatud e suhtes positiivseks.

„Me sekveneerime genoomi ära ja vaatame selles genoomis kahte asja: millisesse genotüüpi see kuulub ja millised kriitilised mutatsioonid sellel el on,” ütles Avi.

Kriitilised mutatsioonid e S-geenis ehk spike-valgus määravad t sõnul ühelt poolt ära e genotüüpi ja teiselt poolt võiksid mõjutada selle e nakatumist ja erinevaid tunnuseid.

Allikas

%d bloggers like this: